Una tercera aplicación de la distribución Chi-cuadrado, dentro de la estadística no paramétrica es aquella que se refiere a pruebas de comparación del comportamiento de dos o más muestras; esto es, afirmar que todas las muestras provienen de la misma población o de poblaciones iguales y como tal, son homogéneos en su comportamiento.
De manera que si se toman k muestras aleatorias extraídas de igual número de poblaciones y son clasificados en m grupos o criterios pre definidos, entonces Oij representará el número de observaciones proveniente de la i-ésima población, perteneciente al j-ésimo criterio.
Esto sugiere el uso de la siguiente tabla en la cual se tendrán las observaciones.

como la proporción de que una observación cualquiera de la i-ésima población, corresponda al j-ésimo criterio.
Como se podrá apreciar, el procedimiento a seguir será similar a la prueba de independencia de criterios ya los datos tienen la misma estructura y se toma en cuenta la probabilidad de pertenencia de una observación a un criterio.
En tal sentido, las hipótesis a ser formuladas serán:
Ho: Todas las muestras presentan las mismas características o todas las muestras proceden de la misma población
H1: Las muestras difieren en su comportamiento o no es cierto que todas las muestras procedan de la misma población.
Otra manera de formulas las hipótesis es utilizando la proporción de observaciones por criterio:
Ho: p1j = p2j = ⋯ = pkj
H1: p1j ≠ phj para algún i ≠ h Estadístico de la prueba:

Grados de libertad:
Como en el modelo anterior el número de grados de libertad será: (k-1) (m-1).
Criterio de decisión:
Si χ2C > χ21-α(k-1)(m-1) entonces rechazaremos la hipótesis nula.
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